一般而言，醫師會建議先採用內科治療，但對於少數病人經內科治療無效、或預期發生藥物毒副作用、腸穿孔、毒性巨結腸症（Toxic megacolon）、懷疑癌性變化，或嚴重影響生活品質時，仍應考慮手術治療。潰瘍性大腸炎可經由切除全部大腸直腸手術來進行根治治療，可能會裝上一個置於腹部的永久或暫時性人工肛門（迴腸造口術）。
因直腸有儲存糞便的功能，切除後會增加排便次數，減少每次排便量，影響一定程度的生活品質，有時依病情不同亦可經由手術以J-型迴腸袋(Ileal J pouch)重建直腸，以取代直腸儲存糞便的功能，增加糞便儲存容積，使排便頻率較快恢復正常，減少切除直腸手術後排便不適感，提升生活品質。這種必須要動手術之患者，大約佔此種患者的5％到10� ��之間，而大多數之患者都能經由適當之治療而不須動手術。腹部手術後一般建議早期下床活動，慢慢恢復飲食。
手術後早期下床活動好處：
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